专业研究所专注于产业技术研发、成果转化、企业孵化等，建立研发、孵化和投资的“三位一体”融合机制；对于引进团队新建设的专业研究所，实行“多方共建、多元投入、混合所有、团队为主”的轻资产运营新模式。研发收益归运营公司所有，增值收益按股权分配。截至目前，江苏产研院已在先进材料、能源环保、信息技术、制造装备、生物医药等五大领域布局建设了57家专业研究所，拥有各类研发人员约10000人。

多家由高校院所举办的事业法人专业研究所按新模式主动改制，充分激发创新活力，有效调动科研人员积极性；针对以高校院所研究人员为核心团队组建的专业研究所，实施兼顾高水平创新研究与高效率技术开发转移人员聘用管理的“一所两制”∶有高校运行机制下的研究人员开展高水平创新研究，亦有独立法人实体聘用的研究人员专职从事二次开发和技术转移。

对于专业研究所不按传统的人员编制和项目方式支持经费，而是实施“合同科研”的绩效考评，重点考核每个专业研究所向企业市场化提供技术的绩效（包括技术转移、技术投资和技术服务等）来决定财政经费的支持额度，专业研究所技术研发的市场导向明显增强。